Osmanlı Döneminde de Mekke su baskınları ile boğuşmuştur. 1612’de Mekke’de büyük bir sel meydana gelmiş ve bu sel Kâbe’ye zarar vermiştir. Sultan Birinci Ahmed, selden zarar gören Kâbe’nin doğu ve batı duvarlarını altın ve gümüşten 16 adet kuşak yaptırarak Kâbe’nin duvarlarını sağlamlaştırmıştır.
Sultan Dördüncü Murad döneminde 1630’da Mekke’de oluşan sel Kâbe’ye çok büyük zarar vermiş ve Kâbe’nin iki duvarı yıkılmıştır. Selde yıkılan Kâbe’nin bütün taşları numaralanarak sökülmüş, kullanılamaz hâle gelen taşların yerine yeni taşlar konulmuştur. Osmanlı dönemindeki en büyük onarımını geçiren Kâbe adeta yeniden inşa edilmişti.Mimar Rıdvan Ağa’nın nezaret ettiği onarım 1636’ya kadar sürmüştür. İnşaatta kullanılan alet ve artan malzemeler başka bir işte kullanılmasın diye şehrin dışında bilinmeyen bir yere gömülmüştür.