Kuzey ve Batı Harezm Cuci ulusuna, Kat ve Hive Çağatay ulusuna ait idi. Timur da kukla han tayîn ederek idâreyi ele alan bir emîr olarak Cengiz Han soyundan Suyurgatmış Han’ı tahta çıkardıktan sonra Çağatay hanedanı adına hareket etme imkanı bulmuştu. Timur, Kongurat Oymağından Tengüdey’in oğullarının elinde olan Harezm bölgesinin önemli şehirleri Kat ve Hive ile ilgilenmekteydi. Buraları kontrol eden Hüseyin Sofi’ye elçi göndererek bu iki memleketin Çağatay Han’a ait olduğunu, bu yüzden burayı bırakmasını istedi. Hüseyin Sofi vilayeti kılıçla aldığını ve elinden yine kılıçla alınabileceğini bildirdi. Bunun üzerine Timur bölgeye asker sevk etti. Kat’ı ele geçirdi ve etrafı yağmaladı. Harezm’i de kuşattı. Bu arada Hüseyin Sofi’nin kuşatma altında öldüğü ve yerine kardeşi Yusuf Sofi’nin geçtiği haberi gelince barış sağlandı.
Özbek Han soyundan olan ve Hanzade diye meşhur olan Süyün Bek Hanım ile Timur’un büyük oğlu Mirza Cihangîr’in evlendirilmeleri kararlaştırıldı. Timur 1373 yılında tekrar Harezm üzerine yürüdü. Seferin sebebi Yusuf Sofi’nin sözünde durmaması ve Kat vilayetine asker sevk edip buraları harap ve halkını perişan etmesiydi. Timur’un Harezm’e yürüdüğünü öğrenince telaşlanan Yusuf Sofi barış yolları aramış ve netîcede Hanzade’nin bir an önce gönderilmesini kabul ederek düğün hazırlıklarına başlamıştı. Bu evlilik ile Timur kendisinden sonra oğlunu da Cengiz soyundan bir hanımla evlendirerek hanedana damat etmiş oldu. Hanzade, Timur’un ileride veliaht olarak göstereceği Muhammed Sultan’ı doğurmuştur.
1379 yılında Harezm meselesi tekrar patlak verdi. Harezm hakimi Yusuf Sofi Timur’un doğu ile meşgul olmasından yararlanmak istemiş ve Buhara tarafına asker sevk etmişti. Timur bir elçi gönderdiyse de Yûsuf Sofi bu elçiyi de yakalatmıştı. Timur, Yusuf Sofi’yi 3 ay kuşatma altında tuttu. Yusuf Sofi’nin rahatsızlanarak ölmesi ve yerine geçen Süleyman Sofi ile anlaşma sağlanması üzerine sefer sona erdi. Böylece Harezm bölgesi Timur’a bağlanmış oldu, ancak bir süre sonra Toktamış’ın etkisi ile ile bu bölgede hakim olan Sufî ailesi tekrar Timur’a muhalefet etti. Sufi ailesinin de mensup olduğu Kongrat kabîlesi Harezm’de hakim olan boydu. Bu boy Altın Orda’ya daha yakın bir boydu. Toktamış’ın annesi bu boya mensuptu. Bu boya mensup emirler Altın Orda’da etkili emîrlerdi. Hatta Ali Bey Kongrat, Toktamış Han’ın baş beyi idi. Timur 1371–1379 arasında düzenlediği dört seferle Harezm bölgesini fiilen hakimiyeti altına almıştı. Ancak Sofi ailesini ve Kongratları tam anlamıyla kendine bağladığı söylenemez. Kongratlar, Toktamış’ın Altın Orda devletinin toparlamasından sonra ona meyletmişler ve Timur 1388 yılında Harezm’e tekrar yürümek zorunda kalmıştı.